Recent werd duidelijk hoe het legalisatieprogramma voor de PAS-melders eruit kan komen te zien. Binnen het legalisatieprogramma vallen naast landbouwbedrijven ook andere bedrijven. Ook varieert de omvang van het te legaliseren deel van het bedrijf. Intern salderen is een van de opties waarbij de nieuwe activiteit beoordeeld ten opzichte van de reeds toegestane Natura 2000-activiteit op die locatie. Als de emissie hoger is dan moet deze worden verlaagd tot het eerdere niveau. Deze verlaging kan worden gerealiseerd door het toepassen van reducerende technieken, omschakelen naar een andere diersoort, omschakelen naar een andere activiteit, omschakelen naar biologisch, managementmaatregelen of extensiveren.
Bij extern salderen wordt de hogere emissie van de nieuwe activiteit gecompenseerd door een activiteit op een andere locatie geheel of gedeeltelijk te stoppen. Stikstofruimte kan ook uitgewisseld worden tussen bedrijven. Het Rijk kan stikstofruimte voor grote maatschappelijke projecten reserveren in een Rijksbank. Ook provincies kunnen een stikstofbank oprichten voor specifieke doeleinden. Omdat de natuur er slechter voorstaat dan gedacht kan vrijgemaakte ruimte niet worden gebruikt om PAS-melders te legaliseren.
Een andere optie in het concept-legalisatieprogramma is geheel of gedeeltelijk beëindigen van de bedrijfsvoering. Als het via de PAS gemelde bedrijfsdeel wordt gestaakt is er niet langer sprake van illegale bedrijfsvoering. PAS-melders kunnen meedoen aan de bedrijfsbeëindigingsregelingen. Verplaatsing naar een locatie waar wel een passnede vergunning kan worden verkregen, is eveneens een optie. Voor ieder van deze instrumenten is in het concept legalisatieprogramma een beoogd budget opgenomen. Het doel is dat voor het eind van 2030 alle PAS-melders gelegaliseerd zijn.